Binnen de parkgrenzen bevinden zich ruim 30 meren en ongeveer 900 eilanden. De rotsen waaruit de eilanden bestaan, zijn bijzonder oud. Ze zijn aan de oppervlakte gekomen tijdens ten minste vier periodes waarin gletsjers de bovenliggende lagen hebben weggesleten. Bovenop de rotslagen ligt een dunne vruchtbare laag, waardoor zich hier een rijk planten- en dierenleven heeft kunnen ontwikkelen. De meest voorkomende begroeiïng bestaat uit naaldbomen, maar er zijn ook andere boomsoorten zoals espen en berken. Welke dieren je aantreft in het park, is sterk afhankelijk van het seizoen. In de zomer kan je beren, herten of eekhoorns tegenkomen, en leven er erg veel vogels in dit gebied. In de winter zijn deze dieren of tijdelijk weggetrokken, of in winterslaap. Het is dan de periode dat bijvoorbeeld wolven en sneeuwhazen meer actief zijn. In totaal komen er zo’n 275 verschillende soorten zoogdieren voor, de bever is daarvan een van de voornaamste.

De grootste landpartij van het park is het schiereiland Kabetogama Peninsula, een gebied van meer dan 300 km² zonder wegen. Het bestaat uit rotsachtige heuvelruggen, met dicht begroeide bossen, veen- en moerasgebieden. Aan de zuidzijde van Kabetogama Peninsula (aan de noordelijke oever van Kabetogama Lake) ligt boven op een kleine heuvel de Ellsworth RockGarden. Deze rotstuin is tijdens de periode 1944 tot 1965 aangelegd door een man uit Chicago, E.J. Ellsworth. Je kan hier een groot aantal vreemd gevormde rotssculpturen bezichtigen, temidden van veel mooie bloemen.

De vier grootste meren zijn Rainy Lake, Namakan Lake, Kabetogama Lake en Sandy Point Lake. Rainy Lake ligt aan de noordzijde van het park; het is 60 mijl lang en – op het breedste punt – 12 mijl breed. De Canadese grens loopt dwars door het meer heen, de noordelijke kustlijn bevindt zich in de Canadese provincie Ontario. Boten kunnen te water worden gelaten nabij het Rainy Lake Visitor Center, je kan deze plek met de auto bereiken. De wind heeft vaak vrij spel op Rainy Lake, en het water is daardoor soms behoorlijk ruw. Het is dan ook belangrijk dat je – als je hier een kano- of boottocht wilt maken - de weersomstandigheden goed in de gaten houdt.

Aan de oostzijde van het park loopt de smalle waterweg American Channel; de Canadese grens loopt door dit water heen. Voorheen waren Rainy Lake en Namakan Lake via American Channel met elkaar verbonden, maar de waterweg wordt nu door een dam afgesloten. Nabij de dam bevindt zich het enige hotel van het park, Kettle Falls Hotel. Het werd gebouwd kort voor de eerste Wereldoorlog, en was oorspronkelijk vooral bestemd voor houthakkers die in dit gebied werkten. Later werd het populair bij beroemde mensen zoals Rudolph Valentino, Ginger Rogers en Charles Lindbergh. De National Park Service heeft het hotel gedurende de jaren ’80 ingrijpend gerenoveerd. Namakan Lake ligt aan de oostzijde; het is 17 mijl lang en maximaal 3 mijl breed. Ook van dit meer ligt de noordelijke kustlijn in Ontario. Omdat Namakan Lake veel meer beschut ligt dan Rainy Lake, is het erg geschikt voor het maken van kano- en boottochten. Het meer is echter niet met de auto bereikbaar, je kan hier alleen via een van de andere wateren komen.

In het uiterste zuidoosten komt Namakan Lake uit bij een zeer smalle doorgang, de Namakan Narrows. Via die doorgang kom je uit in het veel kleinere Sandy Point Lake, dat 7½ mijl lang en 2½ mijl breed is. Aan de zuidzijde is dit meer bereikbaar via het buiten het park gelegen Crane Lake; in de gelijknamige plaats aan de zuidelijke oever kan je boten te water laten.

Kabetogama Lake is met een lengte van 15 mijl en een breedte van 4 mijl het op een na grootste meer van het park. Het ligt in het zuidwesten van het park, boten kunnen te water worden gelaten nabij het Kabetogama Lake Visitor Center (per auto bereikbaar). Dit meer is vooral populair bij vissers.

Wandelen
De meeste wandelpaden kunnen alleen na een boottocht worden bereikt. Er zijn echter ook een aantal korte paden die per auto bereikbaar zijn. Nabij het Rainy Lake Visitor Center begint de Oberholtzer Trail (totaal 3,2 km), door een bosgebied en langs de rand van een moeras. Je hebt daar een goed uitzicht op de Black Bay Narrows. Bij het Visitor Center is een brochure met een beschrijving over dit gebied beschikbaar.
De 4 km lange Echo Bay Trail begint bij het Kabetogama Lake Visitor Center, het brede wandelpad loopt door een gebied waar veel vogels voorkomen.
Aan de Ash River Visitor Center Road beginnen een aantal korte wandelpaden, die eindigen bij uitkijkpunten. De Kabetogama Lake Overlook Trail en de Beaver Pond Overlook Trail zijn allebei 320 meter lang (enkele afstand), en de Voyageurs Forest Overlook Trail heeft een totale lengte van 800 meter.
Bij de parkeerplaats van het Ash River Visitor Center begint de 4 km lange Blind Ash Bay Trail. Dit pad gaat door een bosgebied, en komt uit bij een uitzichtpunt over Blind Ash Bay. Op de Kabetogama Peninsula zijn veel wandelmogelijkheden, om de diverse trailheads te bereiken heb je wel een boot nodig. Je kan overnachten op een van de backcountry campings.

Varen
Met het grote aantal meren en waterwegen, is varen absoluut de voornaamste activiteit in het park. De National Park Service stelt kano’s en roeiboten beschikbaar, de huur ervan kost $ 10,- per dag. De kano’s en roeiboten zijn echter niet verkrijgbaar bij de Visitor Centers of bij andere met de auto bereikbare plaatsen, je zal eerst met een eigen boot of met een watertaxi naar een van de Boat Locations moeten gaan. Tijdens de winter zijn de meeste meren dichtgevroren; het vaarseizoen duurt ongeveer van begin mei tot eind november.

Rainy Lake Ice Road
Tijdens de wintermaanden is het water van Rainy Lake stevig dichtgevroren. Je kan dan, beginnend bij het Visitor Center, met de auto langs een deel van de noordzijde van de Kabetogama Peninsula rijden. Het ijs wordt hiervoor over een afstand van zeven mijl schoongehouden. De maximale snelheid bedraagt 30 mijl per uur, en het is verboden om van de Rainy Lake Ice Road af te wijken. De auto’s die gebruik maken van de ijsweg mogen maximaal 3.175 kg wegen. Bij slechte weersomstandigheden, en als het ijs in slechte toestand verkeert, wordt de Rainy Lake Ice Road afgesloten.

Winteractiviteiten
Tijdens de winter kan je skieën of tochten maken op sneeuwschoenen. Er zijn daarvoor diverse trails aangelegd. Bij het Rainy Lake Visitor Center kan je skies en sneeuwschoenen huren. In speciaal daarvoor aangewezen gedeeltes van het park mag je gebruik maken van snowmobiles.